基于虚拟筛选和网络药理学挖掘高粱源降压降糖肽
2026-06-04 11:48:08 来源: 作者:liunanfang
摘要:本文借助生物信息学手段对高粱蛋白进行虚拟酶解,通过活性预测和理化性质筛选出 11条目标肽段。
摘 要:本文借助生物信息学手段对高粱蛋白进行虚拟酶解,通过活性预测和理化性质筛选出 11条目标肽段。经网络药理学分析,分别得到与高血压、糖尿病相关的267、621 个关键靶标,并确定关键通路。最终筛选出 CAAF、HFL 和 CAAFL3 条新颖肽进行分子对接,其主要通过范德华力、常规氢键、疏水相互作用等影响靶点。该研究为高粱蛋白源潜在活性肽的高效开发提供了新思路。
关键词:高粱肽;虚拟筛选;网络药理学;生物活性;分子对接
近年来,全球高血压、高血糖等慢性疾病患病率逐年攀升。高血压疾病治疗关键靶点为血管紧张素转化酶(angiotensin converting enzyme,ACE)。T2DM则因胰岛素分泌不足导致血糖失衡,主要通过二肽基肽酶-4(Dipeptidyl peptidase-4,DPP-4)刺激胰岛素分泌 降低血糖 。高粱 富含醇溶蛋白(Sorghum Kafirin)和疏水性氨基酸,是制备 ACE 抑制肽和DPP-4 抑制肽[1]的优质来源。但传统实验筛选方法存在周期长、成本高的问题。虚拟筛选技术可快速实现蛋白模拟水解、活性预测等,且已逐渐应用于活性肽研究。因此,本研究通过虚拟酶解挖掘高粱源降压降糖活性肽,并结合网络药理学解析其作用机制,为高粱多值化资源开发提供依据。
1 材料与方法
1.1 虚拟酶解和理化性质预测
高粱蛋白序列来自蛋白数据库(UniProt),分别为 Kafirin PSK8、 Kafirin PGK1 和 Kafirin PSKR2。将 3 条高粱蛋白序列复制到 BIOPEP-UWM[2]在线平台进行虚拟酶解。以 PeptideRanker为活性预测工具,再根据 BIOPEP-UWM 活性肽数据库筛选未报道的活性多肽,并通过 ADMET2.0 预测其药代动力学性质。
1.2 网络药理学分析和通路富集
将 1.1 中 筛 选 到 的 多 肽 通 过 数 据 库SwissTargetPrediction搜索获得靶点。运用 GeneCards数据库,以“hypertension”和“diabetes”为关键词检索获得靶点基因,分别与多肽靶点取交集。再导入STRING 数据库,选择“homo sapiens”,设置置信度>0.7,进行搜索获得 PPI 网络,然后导入 Cytoscape 3.10 进行可视化分析。同时,核心靶点通过 Metascape 平 台分析,物种选择“Homo sapiens”,且设置 P<0.01,获取 GO 富集和 KEGG 富集分析结果。
1.3 分子对接
基于 1.2 中筛选到的多肽和核心靶点准备受体蛋白和配体。通过AutoDock Tools 对受体蛋白进行修饰处理,然后运行Autodock Vina 进行分子对接,最后通过 PyMOL 软件可视化对接结果。
2 结果与讨论
2.1 高粱蛋白的虚拟酶解与理化性质
使用胰蛋白酶、胃蛋白酶、木瓜蛋白酶、蛋白酶K 和胰凝乳蛋白酶分别对高粱蛋白进行虚拟酶解,获 得 299 条 肽 段 。 删 掉 重 复 序 列 后 , 通 过PeptideRanker 评分≥0.5 筛选潜在活性肽段,并与BIOPEP-UWM 数据库对比。结果表明,20 条具有DPP-4 抑制活性,16 条具有 ACE 抑制活性,29 条为未报道的新颖肽。
29 条新颖肽的相对分子质量在 700 g/mol 以下,多数肽段水溶性较差。在无毒性前提下,以水溶性好、PeptideRanker 得分>0.8、BBB+、HIA+、Caco- 2+为指标 ,最终筛选出满足 3 个及以上指标的SWQ、QPF 等 11 条肽段进行分析。
2.2 高粱蛋白潜在新颖肽的靶点分析
筛选的 11 条肽段的调控靶点与疾病关键靶点取交集,高血压相关核心靶点 28 个(图 1A),糖尿病相关 50 个(图 1B)。图 1C、D 可视化网络分析发现高血压 PPI 网络含 22 个节点,糖尿病 PPI 网络含41 个节点、93 条边,图标越大、颜色越深,靶基因关联度越高。高粱肽降血压关键靶点为 AGTR1、ACE等 , 降 血糖关键靶 点 为 STAT3、ACE、MMP9 和SIRT1 等。这与徐豆丽[3]在清香型酒糟降糖肽FFGPG中发现的 STAT3、MMP9、SIRT1 一致。

2.3 高粱蛋白潜在新颖肽的 GO 富集和 KEGG 通路分析
对核心靶点进行富集分析,按 P<0.05 筛选前10 条结果。在防治高血压方面,KEGG 通路排名靠前者为肾素分泌通路、肾素-血管紧张素系统(RAS)及环磷酸鸟苷-蛋白激酶 G(cGMP-PKG)信号通路。肾素分泌通路和 RAS 是改善高血压患者血管功能的重要通路,减少血管紧张素Ⅱ生成,从而降低血压[4]。cGMP-PKG 信号通路通过 cGMP 激活蛋白激酶 G(PKG),上调其表达水平,促使 Ca2+浓度下调,最终实现血管舒张,达到降压效果[5]。在糖尿病防治方面,核心靶点 KEGG 通路主要为糖尿病并发症中的 AGE-RAGE信号等通路。AGE-RAGE 通路会激活炎症因子释放,诱导胰岛 β 细胞凋亡,减少胰岛素分泌等,因此抑制该通路可以预防并治疗糖尿病并发症[6] 。基于此,发现 CAAF 在防治高血压方面潜力较大且关联肾素分泌通路及 cGMP-PKG信号通路,而 CAAF、HFL、CAAFL 被推测具备较好的糖尿病防治活性,且主要关联癌症途径和糖尿病性心肌病通路。
2.4 高粱蛋白筛选多肽的分子对接分析
选取具有潜在活性的 CAAF、HFL 和 CAAFL,分别与关键靶点对接,发现所有结合能均小于 0,表明对接过程可自发进行,且结合能越小越稳定。其中 ,CAAF、HFL 和 CAAFL 分 别 与 ACE、EGFR 和SIRT1 蛋白对接的结合能最低,为-7.8、-8.7 和-7.4 kcal/mol,故选这 3 种对接结果进行构效分析。具有降血压潜力的 CAAF 主要通过范德华力、常规氢键与 ACE 的 Gln259、Asp354、Gln355 和 Thr358 发生相互作用。降血糖潜在活性肽 HFL 与 EGFR 蛋白分子的 Val726、Ala743 等形成疏水相互作用力,与Arg841、Lys745、Asp855 通过范德华力和氢键作用。因此,高粱蛋白活性肽可能主要通过范德华力、常规氢键和疏水相互作用等氨基酸残基作用相关靶点,进而影响相关信号通路发挥活性。
3 结论与展望
本研究通过在线数据库对高粱蛋白 3 条蛋白序列进行虚拟酶解,得到 299 条肽段,其中 24 条肽段已被报道具有降血糖和降血压等活性。经理化性质、药代动力学分析,筛选出 11 条肽段,分别得到与高血压和糖尿病相关的 267 和 621 条关键靶标,并基于网络药理学分析得出防治高血压关键靶点为AGTR1、ACE,且通过肾素分泌等通路调节。防治高血糖的关键靶点为 STAT3、MMP9 等,经糖尿病性心肌病等通路发挥作用。最终筛选出 CAAF、HFL 和CAAFL3 条肽段进行分子对接,结果表明活性肽主要通过范德华力、常规氢键、疏水相互作用和 τ-τ堆积作用力等影响靶点。
参 考 文 献
[1] 蔡晓, 戴凌燕, 姜鹏, 等. 响应面优化酶法制备高粱醇溶蛋白 DPP-IV 抑制肽参数[J]. 食品工业, 2021, 42(6): 132- 137.
[2] PIOTR M, ANNA I, MALGORZATA D. BIOPEP-UWM Database of Bioactive Peptides: Current Opportunities[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20(23): 5978.
[3] 徐豆丽. 清香型酒糟中酶解多肽的制备及其活性的研究[D]. 太原: 山西大学, 2024.
[4] XIANG L, ZHENG Z J, GUO X J, et al. Two novel angiotensin I-converting enzyme inhibitory peptides from garlic protein: In silico screening, stability, antihypertensive effects in vivo and underlying mechanisms[J]. Food Chemistry, 2024, 435: 137537.
[5] WU Q, LUO F J, HUANG J, et al. Discovery and mechanism of anti-hypertensive effect of a novel tripeptide (SYP) from medicinal fungus Ganoderma lingzhi[J]. Food Science and Human Wellness, 2025, 14(2): 509-524.
[6] 苏叶昀, 王丽莉. 中医药通过调控氧化应激通路治疗糖尿病肾病研究进展[J]. 上海中医药大学学报, 2023, 37(3): 92-101.