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猪Mstn基因的生物信息学分析论文

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2025-11-07 16:37:04    来源:    作者:xuling

摘要:为研究生猪Mstn基因的结构与功能,试验利用生物信息学方法对猪Mstn基因核苷酸的相似性、氨基酸序列、蛋白理化性质、蛋白质结构和互作蛋白等进行分析。

  摘要:为研究生猪Mstn基因的结构与功能,试验利用生物信息学方法对猪Mstn基因核苷酸的相似性、氨基酸序列、蛋白理化性质、蛋白质结构和互作蛋白等进行分析。结果表明,猪Mstn基因含1个启动子和188个氨基酸残基,为碱性亲水蛋白,不稳定,在氨基酸组成中,亮氨酸最多,为10.6%,猪MSTN蛋白的分子式是C976H1573N255O285S10,分子质量为21 760.36 u,等电点为8.27;多肽链中以无规则卷曲为主,不具有跨膜结构域,通过分析发现,猪Mstn主要受SMAD/TGF-β信号通路的调控在肌肉的生长和肌纤维的形成中起作用。


  关键词:猪;基因;生物信息学


  0引言


  肌肉生长抑制素(myostatin,Mstn)基因属于转化生长因子(transforming growth factor,TGF-β)超家族成员[1],主要分布在骨骼肌中,对瘦素的产生[2]、肌肉纤维生长发育[3]有一定的影响,Mstn基因的多态性还与眼肌的面积[1]、生长[4]等关联,通过研究Mstn基因提供肌肉品质,对促进生猪产能提升有重要的意义。本研究通过生物学信息分析方法对猪Mstn基因结果和功能等进行分析,旨在为生猪品种选育等方面提供依据。


  1材料与方法


  1.1猪Mstn基因序列的获取


  猪Mstn基因的氨基酸序列来源于GenBank数据库。登录号为HQ180174.1,其序列为MQKLQIYVYIYLFML IVAGPVDLNENSEQKENVEKEGLCACMWRQN TKSS RLEAIKIQILSKLRLETAPNISKDAIRQLLPKAPPLRELI DQYDVQRDDSSDGSLEDDDYHATTETIITMPTESDLL MQVEGKPKCCFFKFSSKIQYNKVVK AQLWIYLRPVK TPTTVFVQILRLIKPMKDGTRIPF。


  1.2猪Mstn基因的生物信息学分析


  猪Mstn基因生物信息学分析软件或网址,见表1。

  2结果与分析


  2.1开放阅读框分析预测


  由图1可知,猪Mstn基因开放阅读全长567 bp,起始密码子ATG,编码188个氨基酸。

  2.2猪MSTN蛋白理化性质预测


  猪MSTN蛋白的分子质量为21 760.36 u,等电点为8.27,带负电荷残基(ASP+Glu)和带正电荷残基(Arg+Lys)相差不大,分别为24个和26个,不稳定系数为41.89,属不稳定蛋白,亲水性总平均值为-0.323,亲水性高于疏水性,如表2;猪MSTN蛋白疏水性最强位点出现在第13位的亮氨酸,分值为2.899,猪MSTN蛋白亲水性最强位点出现在第27位天冬酰胺,分值为-3.244,见图2。

  2.3猪MSTN蛋白亚细胞定位及跨膜结构域


  使用WoLFPSORT预测猪MSTN蛋白的亚细胞定位,结果表明,猪MSTN不存在跨膜结构,结果表明猪MSTN不是跨膜蛋白,见图3。


  2.4猪MSTN蛋白二、三级结构预测


  通过在线软件对猪MSTN蛋白预测发现,猪MSTN蛋白无规则卷曲氨基酸残基含量最多含92个氨基酸,占比为48.94%,其次是α螺旋59个、延伸链37个,分别占31.38%和19.68%,猪MSTN蛋白以无规则卷曲为主,见图4、图5。

  2.5猪MSTN蛋白网络互作图


  通过在线工具STRING构建猪MSTN蛋白互作网络,结果表明,猪MSTN与FST、FSTL3、ACVR2A、ACVR1B、ACVR2B、SMAD2、MYOD1、MYF5、MYOG、TGFBR1 10个蛋白互相紧密联系,可能存在互作,见图6。

  3讨论与结论


  本研究通过生物信息学对猪Mstn基因的序列进行分析,表明猪Mstn基因有188个氨基酸残基,没有跨膜结构,带负电,结构不稳定,为碱性亲水蛋白。通过对猪MSTN蛋白的二、三级结构分析表明,猪MSTN蛋白以无规则卷曲为主,这可能与猪MSTN蛋白的功能有关。


  通过对蛋白网络互作分析,猪MSTN与F ST、FSTL3、ACVR2A、ACVR1B、ACVR2B、SMAD2、MYOD1、MYF5、MYOG、TGFBR1 10个蛋白具有互作关系,在已有的研究中,在骨骼肌上的生肌调节因子(MRFs)称为Myod家族[5],Myog基因控制启动成肌细胞融合和肌纤维形成,在肌肉分化过程中起重要作用[6]。猪激素受体2B(Activin A receptor 2B,ACVR2B)是单次跨膜蛋白受体,其主要配体转化生长因子-β(TGF-β)家族成员,ACVR2B可直接与TGF-β家族成员结合,形成的受体经过激素信号转导将信息传达至细胞中,在细胞增殖、刺激细胞外基质合成、刺激骨骼肌的形成等方面起作用[7]。SMAD信号则为TGF-β1的主要效应因子,调控TGF-β家族的信号传递,参与细胞生长、分化、凋亡以及免疫调节,Smad依赖性信号通路是通过TGF-β1的纤维化过程[8]。为此,Mstn基因作为TGF-β超家族成员,主要受SMAD/TGF-β信号通路的调控在肌肉的生长和肌纤维的形成中起作用。

参考文献


  [1]程娜,牛元力,李*勋,等.大河乌猪MSTN基因第3外显子多态性与眼肌面积的关联分析[J].家畜生态学报,2020,41(11):24-28.


  [2]McPherron A C,Lee S.Suppression of body fat accumulation in myostatin-deficient mice[J].J Clin Invest,2002,109(5):595-601.


  [3]欧秀琼,李睿,张晓春,等.猪肌纤维性状形成和肌内脂肪沉积的遗传机制[J].中国畜牧兽医,2021,48(3):925-931.


  [4]王婧尊,黄志,曹世坤,等.MSTN基因多态性及其与兰州大尾羊生长性状关联分析[J].畜牧兽医杂志,2024,43(6):1-6.


  [5]Bryson-Richardson R J,Currie P D.The genetics of vertebrate myogenesis[J].Nat Rev Genet,2008,9(8):632-646.


  [6]赵广珍.MyoD1基因与猪肉质性状相关性分析[D].保定:河北农业大学,2012.


  [7]陈梦媛.猪源ACVR2B-Fc融合蛋白在毕赤酵母中的表达及其活性分析[D].南京:南京农业大学,2020.


  [8]杨灡,孙妲男,李勇,等.解毒活血汤对慢性肾脏病大鼠肾脏Smad2、Smad3表达的影响[J].陕西中医,2025,46(1):19-24.