论文查重通过后仍然被认定为抄袭可能有多种原因。其中一些可能包括：

　　1.引用不当：即使一篇论文中使用了引用，但如果引用格式不正确或者引用内容未经适当标注，仍然可能被认定为抄袭。在学术写作中，引用他人的工作是必不可少的，但必须明确标明引用来源，否则可能被认为是剽窃。

　　2.自我抄袭：有时候作者可能会在不同的论文中重复使用相同或类似的段落，这被称为自我抄袭。虽然作者是原创的，但如果没有适当声明这些内容是之前发表的，就可能被认为是不当的学术行为。

　　3.过度引用：即使引用了其他人的工作，但如果引用的比例过高，超出了合理的范围，也可能被认为是抄袭。学术写作要求对他人的工作进行适度引用，而不是简单地大量引用他人内容来填充论文。

　　4.未经授权的合作：有时候几个作者可能会共同撰写一篇论文，但如果其中一方未经他人同意就将其工作用于其他文章中，这也可能被视为抄袭行为。

　　5.未经许可的复制：即使没有直接引用其他作者的内容，但如果对其作品进行了未经授权的复制，也可能被认定为抄袭。这包括直接复制其他人的文字、图表或其他形式的作品。

　　综上所述，论文查重通过后仍被认定为抄袭可能是因为作者在引用、合作或作品原创性等方面存在不当行为。