在探讨论文目录和参考文献是否查重的问题时，我们首先要明确一点：查重的目的是什么？查重的目的是为了检测论文的原创性和防止学术不端行为。因此，我们需要分析论文目录和参考文献是否具有可能存在的抄袭或重复内容。

　　首先，论文的目录通常是按照论文的结构和章节标题来编写的，这些内容通常是作者原创的，而且目录也不太可能包含大量抄袭或重复的内容。因此，从理论上讲，论文的目录不太可能被查重系统检测为重复。

　　其次，参考文献是引用他人研究成果的部分，理论上讲，这部分内容确实可能存在重复的情况。然而，大多数查重系统在检测参考文献时，通常会将其视为引用而非正文内容，因此其重复率不会被计算在内。此外，参考文献的格式和引用方式也是学术规范所要求的，因此如果参考文献格式正确，系统通常会将其识别为引用而非正文内容。

　　综上所述，我们可以得出结论：论文的目录和参考文献在大多数情况下不会被查重系统检测为重复。但是，为了确保论文的原创性和符合学术规范，作者仍需注意以下几点：

　　1.确保论文的目录是作者原创的，不要抄袭其他论文的目录。

　　2.参考文献的引用要符合学术规范，正确使用引号和格式。

　　3.在撰写论文时，要注意避免抄袭和引用不当的情况，确保论文的原创性和学术价值。

　　只有这样，我们才能保证论文的质量和学术价值，同时避免不必要的学术争议和抄袭纠纷。