论文查重工具通常可以识别引用部分，但具体能否识别引用取决于使用的查重工具的功能和设置。一般来说，下面是一些常见的方法和工具：

　　1.引用排除功能：一些高级的论文查重工具会提供引用排除功能，可以将引用部分排除在查重范围之外，这样就不会影响相似度的计算结果。

　　2.设置查重范围：有些查重工具可以让用户自定义查重范围，可以选择只查重正文部分而排除引用部分。

　　3.文献库比对：一些查重工具会与文献库进行比对，可以识别文中引用的文献并标注出来，但这通常不影响查重结果，因为引用部分一般不计入重复率。

　　4.用户自定义设置：在使用论文查重工具时，可以根据需要进行自定义设置，如排除特定格式的文本（如引用格式）、设置查重范围等。

　　总的来说，大部分论文查重工具都能够识别引用部分，并且可以通过设置排除或标注引用部分来满足用户的需求。